비상장주식 거래가격이 여러 개라면? 시가 산정 기준과 2026년 국세청 예규

비상장주식은 상장주식처럼 거래소에서 매일 공개되는 시장가격이 없습니다.

같은 회사의 같은 종류 주식이라도 거래 시점, 거래수량, 매도인과 매수인의 관계, 경영권 이전 여부와 계약 조건에 따라 서로 다른 가격으로 거래될 수 있습니다.

그렇다면 세법상 시가를 판단해야 하는 시점에 여러 거래가격이 확인된다면 어떤 가격을 적용해야 할까요?

가장 최근 거래가격을 사용해야 할까요? 거래가격의 평균을 사용해야 할까요? 아니면 가장 높은 가격이나 가장 낮은 가격을 선택해도 될까요?

국세청은 2026년 5월 29일 「복수의 매매사례가액 존재 시 비상장주식 시가 산정 방법」에 관한 사전답변을 통해 이 문제에 대한 판단기준을 제시했습니다.

국세청의 결론은 복수의 매매사례가액을 기계적으로 평균하거나 특정 가격을 자동으로 선택하는 것이 아니라, 각 거래의 거래규모와 거래경위 등 제반사정을 검토해 해당 비상장주식의 객관적 교환가치를 가장 적정하게 반영하는 거래가격을 시가로 적용해야 한다는 것입니다.

이번 글에서는 해당 국세청 사전답변의 사실관계와 결론, 법인세법상 시가의 판단순서 및 상속세·증여세 평가와의 차이를 정리해보겠습니다.

※ 이 글은 2026년 9월 17일 현재 시행 중인 세법을 기준으로 작성했습니다. 실제 시가 판단은 거래 당사자, 거래일, 거래규모, 주식의 권리내용, 경영권 이전 여부와 계약 조건에 따라 달라질 수 있습니다.

1. 비상장주식은 왜 시가를 판단하기 어려울까?

상장주식은 거래소를 통해 지속해서 거래되기 때문에 일정 기간의 종가나 평가기준일 전후의 시세를 활용할 수 있습니다.

반면 비상장주식은 거래 빈도가 낮고 거래정보가 공개되지 않는 경우가 많습니다.

거래가격이 확인되더라도 다음과 같은 차이가 있을 수 있습니다.

- 거래시점이 서로 다를 수 있습니다. - 거래수량과 전체 발행주식에서 차지하는 비율이 다를 수 있습니다. - 매도인과 매수인이 특수관계인일 수 있습니다. - 소액주주 사이의 거래와 기관투자자의 대량거래가 함께 존재할 수 있습니다. - 경영권이나 이사 선임권 등 별도의 권리가 포함될 수 있습니다. - 양도제한, 환매조건, 보호예수 또는 성과조건이 붙을 수 있습니다. - 회사의 재무상태와 사업전망이 거래시점마다 달라질 수 있습니다. - 거래 당사자의 자금사정이나 특별한 매각 필요성이 가격에 영향을 줄 수 있습니다.

따라서 거래가격이 존재한다는 사실만으로 그 가격이 곧바로 모든 세법상 거래에 적용되는 시가가 되는 것은 아닙니다.

2. 법인세법에서 말하는 시가란?

법인세법 제52조는 특수관계인과의 거래로 법인의 세 부담이 부당하게 감소한 것으로 인정되는 경우 부당행위계산 부인 규정을 적용하도록 정하고 있습니다.

이때 기준이 되는 시가는 건전한 사회 통념과 상거래 관행, 특수관계인이 아닌 사람들 사이의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격입니다.

법인세법 시행령 제89조에 따르면 해당 거래와 유사한 상황에서 다음과 같은 거래가격이 존재하는 경우 그 가격을 시가로 볼 수 있습니다.

- 해당 법인이 특수관계인이 아닌 불특정 다수인과 계속해서 거래한 가격 - 특수관계인이 아닌 제3자들 사이에서 일반적으로 거래된 가격

여기서 중요한 표현은 ‘해당 거래와 유사한 상황’과 ‘일반적으로 거래된 가격’입니다.

단순히 같은 회사의 주식이 거래됐다는 사실만 확인할 것이 아니라, 그 거래가 현재 평가하려는 거래와 비교할 수 있을 정도로 유사한지 살펴봐야 합니다.

3. 2026년 국세청 사전답변의 사실관계

국세청 사전답변의 질의법인은 1958년에 설립되어 보험업을 영위하는 비상장 내국법인이었습니다.

질의법인은 2023년 모든 주주를 대상으로 자기주식 취득에 관한 통지를 하고 특수관계인과 그 외 주주로부터 주당 39,600원에 발행주식의 약 2%를 취득했습니다.

이후 2024년과 2025년에는 질의법인과 특수관계가 없는 금융기관과 투자기구 등 사이에서 다음과 같은 대량거래가 발생했습니다.

2023년 12월부터 2025년 12월까지 우리사주조합원 사이에서도 다수의 거래가 발생했습니다.

한편 질의법인은 책임경영 강화를 위한 장기성과급 제도를 운영하면서 임원 3명과 현금 환수 조건부 주식보상계약을 체결했습니다.

해당 계약에 따라 2025년 4월 임원 3명에게 자기주식을 교부했고, 교부된 주식은 총 발행주식의 약 0.0175%였습니다.

질의의 핵심은 이 자기주식을 임원에게 교부하는 시점에 여러 매매사례가액 중 어떤 가격을 법인세법상 시가로 적용해야 하는가였습니다.

4. 국세청의 결론

국세청은 복수의 매매사례가액 중 단순히 가장 최근 가격, 가장 높은 가격, 가장 낮은 가격 또는 전체 거래가격의 평균을 자동으로 적용하라고 답하지 않았습니다.

개별 매매사례의 거래규모와 거래경위 등 제반사정을 검토해 해당 비상장주식의 객관적 교환가치를 보다 적정하게 반영하는 매매사례가액을 법인세법상 시가로 적용해야 한다고 회신했습니다.

즉, 시가는 다음과 같은 방식으로 판단해야 합니다.

1. 실제 매매사례가액이 있는지 확인합니다. 2. 거래 당사자가 특수관계인인지 확인합니다. 3. 거래규모와 발행주식 대비 비율을 비교합니다. 4. 거래가 정상적인 협상에 따라 체결됐는지 확인합니다. 5. 평가대상 거래와 매매사례의 시점 및 조건이 유사한지 확인합니다. 6. 경영권이나 별도의 권리가 거래가격에 포함됐는지 확인합니다. 7. 여러 거래 중 객관적 교환가치를 가장 잘 반영하는 가격을 선택합니다.

5. 여러 거래가격을 단순 평균하면 될까?

법인세법상 시가를 판단하면서 여러 거래가격이 있다는 이유만으로 이를 모두 합산해 평균하는 것은 적절하지 않을 수 있습니다.

예를 들어 주당 39,600원의 거래와 46,800원의 거래가 존재한다고 해서 두 가격의 단순 평균인 43,200원을 자동으로 시가로 적용할 수 있는 것은 아닙니다.

각 거래의 수량과 조건이 다르고 회사의 재무상태나 사업전망이 변했다면 단순 평균은 실제 객관적 교환가치를 제대로 나타내지 못할 수 있습니다.

거래량을 반영한 가중평균도 법령상 자동 적용되는 방법은 아닙니다.

평균가격을 참고자료로 활용할 수는 있지만, 왜 해당 평균가격이 평가대상 거래의 객관적 교환가치를 적정하게 반영하는지 별도의 근거가 필요합니다.

6. 가장 최근 거래가격을 무조건 적용할 수 있을까?

평가기준일과 가까운 거래는 중요한 판단자료가 될 수 있습니다.

그러나 가장 최근에 발생한 거래라는 이유만으로 무조건 시가가 되는 것은 아닙니다.

최근 거래가 다음과 같은 경우라면 대표성 여부를 추가로 검토해야 합니다.

- 거래수량이 지나치게 적은 경우 - 임직원이나 기존 주주 사이의 제한적인 거래인 경우 - 급매 등 특별한 사정이 있었던 경우 - 양도제한이나 환매조건이 있는 경우 - 특수관계인 사이의 거래인 경우 - 경영권이나 다른 권리가 포함된 경우 - 평가대상 거래와 다른 종류의 주식을 거래한 경우

반대로 평가기준일보다 조금 앞선 거래라도 독립된 기관투자자 사이에서 상당한 규모로 정상적인 가격협상을 거쳐 체결됐다면 객관적 교환가치를 더 잘 반영할 가능성이 있습니다.

결국 거래일과의 근접성만으로 판단하지 말고 거래의 독립성, 규모와 조건을 함께 봐야 합니다.

7. 거래규모가 중요한 이유

비상장주식은 소량거래와 대량거래의 가격이 다를 수 있습니다.

소량의 주식은 회사의 경영이나 의사결정에 미치는 영향이 제한적이지만 상당한 규모의 지분에는 경영 참여 가능성, 주주권 행사 및 향후 지분구조 변화에 대한 기대가 반영될 수 있습니다.

반대로 대량매각 과정에서 유동성 부족이나 일괄매각에 따른 할인요인이 반영될 수도 있습니다.

따라서 거래규모가 크다는 이유만으로 언제나 더 신뢰할 수 있는 것도 아니고, 소액거래라는 이유만으로 무조건 배제되는 것도 아닙니다.

다음 항목을 함께 확인해야 합니다.

- 거래주식 수 - 전체 발행주식에서 차지하는 비율 - 거래 전후의 주주 구성 - 의결권과 배당권 등 주식의 권리 - 경영권 이전 여부 - 매도인의 일괄매각 필요성 - 매수인의 전략적 투자 목적 - 거래가격 결정 과정

8. 우리사주조합원이나 임직원 간 거래도 시가가 될까?

우리사주조합원이나 임직원 사이에서 실제 거래가 있었다면 해당 거래가격도 검토자료가 될 수 있습니다.

하지만 거래 참여자가 제한되어 있거나 회사의 내부 규정에 따라 거래가격이 정해졌다면 외부의 독립된 제3자 사이에서 형성된 일반적인 거래가격과 동일하게 보기 어려울 수 있습니다.

다음 사항을 확인해야 합니다.

- 거래 참여자가 누구인지 - 거래가격을 자유롭게 협상했는지 - 회사나 조합이 거래가격을 지정했는지 - 외부인도 동일한 조건으로 거래할 수 있었는지 - 거래수량이 객관적인 가격을 형성할 정도였는지 - 환매조건이나 퇴직 시 처분조건이 있었는지

임직원 간 거래가격이 있다는 사실만으로 해당 가격을 무조건 배제하거나 시가로 인정해서는 안 됩니다. 거래가격이 형성된 구체적인 과정을 확인해야 합니다.

9. 법인세와 상속세·증여세의 평가기준은 구분해야 합니다

비상장주식의 시가를 판단할 때 자주 발생하는 오류가 법인세법과 상속세 및 증여세법의 평가규정을 동일하게 적용하는 것입니다.

상속세 및 증여세법 시행령 제49조는 시가로 인정되는 가액이 둘 이상이면 평가기준일을 전후해 가장 가까운 날의 가액을 적용하고, 그 가액이 둘 이상이면 평균액을 적용하도록 정하고 있습니다.

그러나 2026년 국세청 사전답변은 법인세법 제52조와 법인세법 시행령 제89조를 적용한 사례입니다.

따라서 상속세·증여세법의 ‘가장 가까운 날’ 또는 ‘같은 날 평균’ 기준을 모든 법인세 거래에 그대로 적용해서는 안 됩니다.

어떤 세목과 어떤 거래에 대한 평가인지 먼저 구분해야 합니다.

10. 매매사례가액이 시가로 보기 어려운 경우

다음과 같은 거래가격은 세법상 시가로 인정받을 수 있는지 신중하게 검토해야 합니다.

특수관계인 사이의 거래

특수관계인 사이에서 임의로 결정한 가격은 정상적인 제3자 거래가격으로 보기 어려울 수 있습니다.

거래가격이 보충적 평가액과 비슷하다는 사실만으로 객관적인 시가가 자동으로 인정되는 것도 아닙니다.

특별한 사정이 있는 급매

매도인의 자금난, 채무상환, 상속재산 정리 또는 분쟁 해소를 위한 급매는 통상적인 거래가격보다 낮게 형성될 수 있습니다.

경영권이 포함된 거래

최대주주 지분 또는 경영권 이전이 수반된 거래는 일반 소액주주 거래와 가격 형성요인이 다를 수 있습니다.

거래수량이 지나치게 적은 거래

극소량의 주식거래는 해당 법인의 전체 주식가치를 대표하기 어려울 수 있습니다.

다만 거래수량이 적다는 이유만으로 법인세법상 매매사례가액에서 자동 배제되는 것은 아니며, 실제 거래조건과 정상성을 함께 판단해야 합니다.

조건이 붙은 주식거래

환매조건, 성과조건, 퇴직 시 반환조건, 양도제한이나 일정 기간의 처분제한이 붙은 거래는 아무런 제한이 없는 보통주 거래와 직접 비교하기 어려울 수 있습니다.

11. 적정한 매매사례가액이 없다면 어떻게 평가할까?

법인세법 시행령 제89조에 따른 정상적인 제3자 거래가격을 확인하기 어렵다면 시행령에서 정한 순서에 따라 시가를 산정해야 합니다.

주식은 일반적인 자산과 달리 감정평가액을 적용하는 대상에서 제외되므로, 실제 매매사례가액을 적용하기 어렵다면 상속세 및 증여세법상 비상장주식 보충적 평가방법을 준용하는 경우가 많습니다.

상속세 및 증여세법 시행령 제54조의 일반적인 비상장주식 평가방법은 다음 요소를 반영합니다.

- 1주당 순손익가치 - 1주당 순자산가치 - 일반법인은 순손익가치와 순자산가치를 3대 2로 가중평균 - 부동산과다보유법인은 순손익가치와 순자산가치를 2대 3으로 가중평균 - 일반적인 가중평균액이 1주당 순자산가치의 80%보다 낮으면 순자산가치의 80%를 하한으로 적용

다만 사업개시 전 법인, 사업개시 후 3년 미만인 법인, 휴업·폐업 중인 법인 등은 순자산가치로 평가하는 별도의 규정이 적용될 수 있습니다.

따라서 단순히 최근 재무제표의 순자산을 발행주식 수로 나누거나 회계상 장부가액만을 주식가치로 사용하는 것은 적절하지 않을 수 있습니다.

12. 비상장주식 거래 전에 준비해야 할 자료

비상장주식의 시가를 검토할 때는 평가계산서만 작성하는 것으로 충분하지 않습니다.

왜 특정 거래가격을 시가로 선택했는지를 입증할 수 있는 자료를 함께 준비해야 합니다.

회사 관련 자료

- 최근 3개 사업연도의 재무제표 - 법인세 신고서와 세무조정계산서 - 주주명부 - 정관과 주식의 권리내용 - 발행주식총수 및 자기주식 현황 - 최근 증자, 감자, 합병과 분할 내역 - 주요 자산과 부채의 변동내역 - 최근 실적 및 사업전망에 영향을 준 주요 사건

매매사례 관련 자료

- 주식매매계약서 - 거래일과 대금 지급자료 - 매도인과 매수인의 특수관계 여부 - 거래주식 수와 발행주식 대비 비율 - 가격협상 과정과 산정근거 - 이사회 또는 주주총회 의사록 - 경영권 이전이나 별도 권리의 포함 여부 - 양도제한, 환매와 성과조건 등 특약사항

평가대상 거래 관련 자료

- 평가기준일 - 거래 목적 - 거래 당사자의 관계 - 거래할 주식의 종류와 수량 - 보상계약 또는 양도계약의 조건 - 적용할 세목과 신고 일정 - 선택한 시가와 다른 매매사례를 배제한 이유

여러 거래가격 중 하나를 선택했다면 다른 가격을 사용하지 않은 이유까지 문서로 남기는 것이 중요합니다.

13. 시가를 잘못 적용하면 발생할 수 있는 세무 문제

법인이 특수관계인에게 비상장주식을 정상적인 시가보다 낮은 가격으로 양도하거나 높은 가격으로 매입하면 법인세법상 부당행위계산 부인 문제가 발생할 수 있습니다.

거래 상대방이 개인인 경우에는 거래구조에 따라 소득세나 증여세 문제가 함께 발생할 수 있습니다.

임직원에게 주식보상으로 주식을 교부하는 경우에는 법인의 손금, 임직원의 근로소득 또는 기타 소득 해당 여부와 원천징수 시기도 함께 검토해야 합니다.

주주 사이의 저가·고가 거래는 양도소득세뿐 아니라 저가양수 또는 고가양도에 따른 증여세 문제로 이어질 수 있습니다.

잘못된 시가를 기준으로 이미 신고했다면 수정신고 또는 경정청구 가능 여부도 검토해야 합니다. 관련 절차는 수정신고와 경정청구 절차 확인하기에서 확인할 수 있습니다.

세목마다 시가의 정의와 적용요건이 다르므로 하나의 평가금액이 법인세, 소득세와 증여세에서 언제나 동일하게 인정된다고 단정해서는 안 됩니다.

14. 비상장주식 거래 전 확인할 체크리스트

비상장주식을 양도하거나 취득하기 전에는 다음 사항을 확인해보세요.

1. 거래 당사자가 개인인지 법인인지 확인합니다. 2. 매도인과 매수인의 특수관계 여부를 확인합니다. 3. 거래일과 세법상 평가기준일을 확정합니다. 4. 같은 회사 주식의 최근 거래내역을 모두 확인합니다. 5. 각 거래의 계약일, 거래수량과 주당 가격을 정리합니다. 6. 거래 당사자 사이의 관계와 거래경위를 확인합니다. 7. 경영권이나 별도의 권리가 포함됐는지 확인합니다. 8. 거래된 주식의 종류와 권리내용이 같은지 확인합니다. 9. 양도제한, 환매조건과 성과조건 여부를 확인합니다. 10. 평가기간 중 회사의 재무상태가 크게 변했는지 확인합니다. 11. 여러 매매사례가액 중 대표성이 가장 높은 가격을 판단합니다. 12. 선택하지 않은 거래가격을 배제한 이유를 문서화합니다. 13. 매매사례가액을 적용하기 어려우면 보충적 평가액을 계산합니다. 14. 법인세, 양도소득세, 증여세와 원천징수 영향을 함께 검토합니다. 15. 계약 체결 전에 세무상 시가 판단과 신고계획을 확정합니다.

마무리

비상장주식에 여러 거래가격이 존재한다고 해서 가장 최근 가격이나 모든 거래가격의 평균을 자동으로 시가로 적용할 수 있는 것은 아닙니다.

2026년 국세청 사전답변은 각 거래의 거래규모, 거래경위와 계약조건 등 제반사정을 종합적으로 검토해 비상장주식의 객관적 교환가치를 가장 적정하게 반영하는 매매사례가액을 적용해야 한다는 판단기준을 제시했습니다.

특히 법인세법상 시가 판단과 상속세·증여세법상 평가기준은 서로 다를 수 있으므로 어떤 세목과 거래에 대한 평가인지 먼저 구분해야 합니다.

비상장주식 거래는 계약을 체결하고 신고기한이 지난 후보다 거래 전에 가격의 적정성과 세무상 영향을 검토하는 것이 안전합니다.

울산에서 비상장법인의 자기주식 취득·처분, 임직원 주식보상, 주주 간 주식양도 또는 가업승계를 준비하고 있다면 권태욱세무회계사무소에서 거래구조, 매매사례가액과 재무자료를 기준으로 세무상 시가 및 신고사항을 검토해드리고 있습니다.

작성자: 권태욱 세무사 권태욱세무회계사무소

※ 본문은 일반적인 세무정보입니다. 실제 비상장주식 시가와 세금은 거래 당사자의 관계, 평가기준일, 거래규모, 계약 조건, 회사의 재무상태와 적용 세목에 따라 달라질 수 있습니다.